In landen waar mopsvleermuizen voorkomen is hij in de zomer vaak een bewoner van bomen en gebouwen. In bomen gebruiken ze holten en spleetvormige ruimten, vaak achter de schors. In bossen worden ze echter zelden in kasten waargenomen en dan vrijwel alleen in spleetvormige kasten. In gebouwen gebruiken ze vaak spleten in balkenconstructies in stallen of schuren, of verblijven ze achter gevelbetimmering. Recent zijn ook grote groepen waargenomen in gevelkasten, zogenaamde Fledermausbretter (Deschka. C. 200x).