De kleine dwergvleermuis is voornamelijk een gebouwbewoner, maar kan ook in bomen worden aangetroffen. In gebouwen zoekt hij doorgaans warme plekken (30°C - 40°C) in of vlakbij het dak of bij een kunstmatige warmtebron. In verschillende landen (onder andere Groot-Brittannië, Litouwen, Spanje, Portugal, Tsjechië, Noorwegen) zijn kraamverblijfplaatsen in houten kasten aangetroffen, voornamelijk grote vleermuiskasten met meervoudige compartimenten (Lourenço & Palmeirim, 2004 / Flaquer e.a. 2006). Wanneer deze kasten aan de oorspronkelijk verblijfplaats of een direct aangrenzend gebouw werden geplaatst werden kasten vaak vrijwillig en in zeer korte tijd in gebruik genomen (Michaelsen, 2011). Individuele dieren en grote groepen zonder jongen zijn ook in traditionele platte en bolle kasten aangetroffen (Heise, 2009).

Kleine dwergvleermuizen in houtbetonnen kast in Wales (foto Bernadette van Noort)